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chick様

実例は知らないので断言はできませんが、以下のようになるのではないでしょうか。

> ・お客様はどこに連絡を入れるのでしょうか？

不具合報告については薬事法第77条の4の2第2項により医療従事者から厚生労働省に報告することになると思います。製販業者が倒産して存在せず、その会社の製品についてどこにも承継されていなければ、上記ルート以外に報告するルートはないと思います。
ただし、一般用医療機器の場合には総合機構の消費者医療機器相談が窓口になるかもしれません。

> ・回収や不具合報告に該当する場合、誰が対応するのでしょうか？

厚労省として回収等の措置を取らせる相手（倒産した製販業者）が存在しないので、重大な事態が生じた場合には国が動くことになるのではないでしょうか。
ただし、倒産したから即業務停止ということでなければ残務整理（業の廃止手続き等）の際にユーザーに対して十分な連絡等を行うよう指導されることになると思います。